自动装卸笼系统是实现整个后杀菌系统连续工作的保障，主要是由装笼系统、台车系统、篮筐输送系统以及卸笼系统组成，本系统主要应用于饮料、乳品以及罐头等，瓶装或罐装容器的自动装卸笼作业。灌装好的产品由输送线输送至装笼网带线上，篮筐自动定位，产品与隔板会一层一层的自动装载到篮筐内，篮筐经篮筐输送线与台车将产品自动送入杀菌釜内进行杀菌；杀菌完成后，杀菌釜向台车发出出釜指令，台车自动定位到杀菌釜处并将产品拖出，篮筐经篮筐输送自动定位到卸笼机下，然后将产品经卸笼机一层一层的推到卸笼网带线上，由网带线输送至后续工序；隔板会自动输送至装笼区，空蓝会在篮筐线上缓存，准备再次使用。